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Analyse de la variabilité épigénétique interindividuelle dans le foie de clones somatiques bovins

proposé par Hélène Kiefer, INRA - Jouy en Josas (78)

Projet de stage : Pour évaluer les conséquences à long terme des perturbations épigénétiques induites par le clonage, nous étudions plus particulièrement le foie. Cet organe joue en effet un rôle clé dans le métabolisme, qui présente de multiples dysfonctionnements chez les clones. Nous avons développé une approche pan-génomique d’analyse de la méthylation de l’ADN (MeDIP-chip sur puce de promoteurs bovins), et isolé des régions génomiques présentant des signatures particulières chez les clones. L’objectif du stage est d’analyser certaines de ces signatures épigénétiques en relation avec le phénotype observé. Les données de MeDIP seront d’abord validées par pyroséquençage. L’effet des signatures épigénétiques sur la transcription des gènes correspondants sera évalué par PCR quantitative. Enfin, ces signatures épigénétiques seront associées aux profils cliniques et anatomo-pathologiques des individus étudiés, dont nous possédons déjà une description détaillée.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire :
- Conversion d’ADN génomique au bisulfite de sodium ;
- Mise au point de conditions de PCR ;
- Pyroséquençage ;
- PCR quantitative ;
- Eventuellement, analyses histologiques et morphométriques à compléter.

Documents joints

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