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Analyse épigénétique de la « programmation précoce » (liée au petit poids à la naissance) du risque de syndrome métabolique.

proposé par Giovanna VINCI, U1016, Faculté de Médecine, Hôpital Cochin, 24 rue du Faubourg St-Jacques, 75014 Paris

Projet de stage : Trois régions génomiques ont été mises en évidence dans des progéniteurs endothéliaux de cellules de sang de cordon par des approches transcriptomiques et montrant des gènes différentiellement exprimés suivant que le nouveau-né était AGA ou SGA (Adequate for Gestational Age ou Small for Gestational Age). Au cours de l’année passée, 8 îlots CpG de ces régions ont été identifiés pour permettre l’analyse de leur niveau de méthylation par des techniques de bisulfite/clonage/séquençage. Deux de ces îlots ont été analysés pour quatre patients sur des cellules mononuclées de sang de cordon. Le projet consiste maintenant à étendre cette analyse à une cohorte significative de patients (10) et de contrôles (10) sur des cellules intéressantes d’un point de vue de la programmation de maladies de l’adulte (PEC = Progenitor Endothelial Cells), éventuellement après une culture primaire de court terme pour obtenir suffisamment de matériel, sans trop altérer la mémoire épigénétique. Si une région particulièrement tranchée est identifiée, elle sera analysée plus avant par des techniques de biologie cellulaire (transfection, gènes rapporteurs, etc.)

L’approche implique des PCR sur ADN bisufité, et l’évaluation des conséquences des modifications en termes d’expression des gènes associés. Un grand nombre de patients sera traité après validation des régions par une analyse par pyroséquençage.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire : Extraction d’ADN, PCR, Traitement d’ADN par le bisulfite de sodium, lecture de séquences, clonage, pyroséquençage , culture cellulaire.

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