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Caractérisation de gènes d’enveloppe de rétrovirus endogènes capturés au cours de l’évolution des mammifères et impliqués dans la placentation

proposé parAnne DUPRESSOIR/Thierry HEIDMANN, Institut Gustave Roussy, 94Villejuif.

Projet de stage : : situation du sujet, objectif du stage, approches expérimentales (une dizaine de lignes maximum)

Une partie considérable du génome des vertébrés est composée d’éléments répétés d’origine rétrovirale, les rétrovirus endogènes, intégrés au génome il y a plusieurs millions d’années lors d’infections de la lignée germinale. Certains d’entre-eux ont conservé un ou plusieurs de leurs gènes intacts, notamment le gène d’enveloppe (env). Une recherche systématique dans les génomes séquencés a identifié une paire de gènes env, nommés syncytines, acquis de manière indépendante il y a 20 à 45 Ma par les génomes murins et humains, et qui présentent une expression placentaire et peuvent faire fusionner les cellules entre elles. Certains de ces gènes possèdent également une activité immunosuppressive. Des souris knockout générées dans le laboratoire ont démontré que les syncytines sont absolument nécessaires à la placentation et à la survie de l’embryon (Dupressoir et al, PNAS 2009, 2011). Il apparaît donc que la « capture » de rétrovirus endogènes a été un évènement majeur dans l’établissement et l’évolution de la structure placentaire (revue dans Dupressoir & Heidmann, Medecine/Science 2011). L’objectif du stage proposé est de rechercher la présence de syncytines dans d’autres branches de mammifères, afin de déterminer l’ampleur des évènements de « capture » rétrovirale au cours de l’évolution des mammifères et de préciser le rôle des syncytines dans la mise en place de la diversité des structures placentaires -et à terme dans le passage de l’oviparité à la viviparité.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire :

Les méthodes utilisées sont variées et incluent i) une recherche in silico parmi les génomes séquencés de différentes branches de mammifères, ii) une analyse du profil d’expression des gènes candidats pour établir la spécificité placentaire (RT-PCR, hybridation in situ, immunohistochimie), et iii) le clonage des gènes identifiés et la caractérisation de leur potentiel fusogénique et immunosuppresseur. Ces techniques sont classiquement utilisées dans le laboratoire

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