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Caractérisation des anomalies épigénétiques présentes dans les lignées de cellules souches d’épiblastes

proposé par Alice JOUNEAU, UMR de Biologie du Développement et Reproduction, Bat230, INRA, 78350 Jouy-en-Josas

Projet de stage : La reprogrammation nucléaire par transfert de noyau (clonage) se déroule progressivement et génère de nombreuses erreurs qui conduisent à une mortalité dés les stades peri-implantatoires. Cela se traduit en particulier par une réduction des cellules exprimant Oct4, marqueur des cellules pluripotentes Nous avons établi pour la première fois des lignées EpiSC d’embryons clonés. Les EpiSC sont des cellules souches d’épiblastes dérivées d’embryons déjà implantés. Les ntEpiSC obtenues ont un profil transcriptionnel qui diffère de celui d’EpiSC contrôles. Une centaine de gènes sont différentiellement exprimés, la majorité étant sous-exprimées. Cette sous-expression pourrait être due à une hyperméthylation des promoteurs conduisant à l’extinction de l’expression des gènes. Le présent projet vise à mieux caractériser ces anomalies dans des lignées EpiSC dérivées de plusieurs types d’embryons clonés.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire : Le stagiaire apprendra à dériver de nouvelles lignées de cellules EpiSC. Pour cela il faudra disséquer des embryons de souris juste après l’implantation et à mettre en culture l’épiblaste. Les lignées seront caractérisées par immuno-marquage et RT-PCR. Pendant le stage nous essaierons de répondre à 2 questions :

1- Y a t-il un biais d’expression des deux allèles des gènes différentiellement exprimés, selon leur origine paternel/maternel ? Un biais d’expression entre allèles maternel et paternel sera déterminé grâce à la présence de SNP par RT-PCR et pyroséquençage.

2- Etude de la méthylation par pyroséquençage de séquences choisies dans les gènes différentiellement exprimés.

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