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Etude de la structure chromatinienne d’un locus de gènes

proposé par Geneviève Jolivet, Biologie du Développement et Reproduction, Bat 440, Institut National de la Recherche Agronomique, 78352 Jouy-en-Josas Cedex

Projet de stage : L’équipe de Différenciation Cellulaire appartient à l’Unité de Biologie du Développement et Reproduction dont le principal sujet d’étude est le développement précoce de l’embryon de mammifère. Dans ce cadre, l’équipe DC s’intéresse aux modifications de la structure chromatinienne d’un locus de gènes au cours du développement embryonnaire. Le locus comprend un gène de protéine du lait (la protéine WAP, Whey Acidic Protein) encadré par des gènes à expression ubiquiste. L’organisation génomique de ce locus est très conservée chez tous les mammifères. La première partie de cette étude consiste à caractériser le profil en histone acétylée H4, histone méthylée H3 et ADN méthylé dans divers tissus chez l’adulte, ces critères permettant d’estimer le taux d’ouverture local de la chromatine et donc l’accessibilité à la transcription des gènes. Ces profils ont été déjà obtenus chez la truie, mais il est difficile d’envisager une étude plus approfondie chez cette espèce, l’obtention d’embryons n’étant pas envisageable chez la truie dans l’Unité. Il est donc nécessaire d’obtenir ces profils chez une autre espèce de mammifère comme la souris ou le lapin. Le sujet proposé consiste à déterminer par immunoprécipitaion de chromatine (ChIP) et d’ADN génomique (MeDIP) les profils d’histones acétylées, méthylées et d’ADN méthylé. Ces travaux seront réalisés sur des tissus de souris ou des cellules de souris en culture (cellules indifférenciées type ES ou carcinome embryonnaire). Les travaux sont actuellement en cours mais ne seront pas achevés avant l’arrivée d’un stagiaire en avril 2008. Cette étude pourra donner lieu ultérieurement à un stage de M2, au cours duquel seront étudiées les modifications de la structure chromatinienne induites sur des cellules indifférenciées en culture par divers facteurs in vitro.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire : Immunoprecipitation de chromatine (ChIP) et d’ADN (MeDIP). Cultures cellulaires.

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