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Influence du plastique des boites de pétri sur la régulation épigénétique de l’expression du génome au cours de l’AMP, chez la souris

JP Wolf Génomique, Epigénétique et Physiopathologie de la Reproduction Institut Cochin Inserm U-1016 24, rue du Fbg Saint Jacques, 75014 Paris France Site internet : http://www.cochin.inserm.fr/

Les programmes de recherche développés dans l’équipe visent à déchiffrer les bases scientifiques de divers aspects de la physiologie de la reproduction et à élucider les mécanismes physiopathologiques impliqués dans les maladies de la reproduction les plus fréquentes. Parmi ces maladies sont la stérilité résultant d’anomalies de la différenciation des spermatozoïdes, l’interaction des gamètes ou des défauts d’implantation et les maladies de la grossesse qui affectent la mère et / ou le fœtus et résultant de défauts d’implantation de l’embryon, d’un dysfonctionnement de l’utérus ou extra-embryonnaires, des anomalies du développement tissulaire.

Projet de stage : Parmi les enfants nés par AMP, il y a une augmentation des anomalies majeures et des troubles liées à des anomalies épigénétiques telles les syndromes de Beckwith-Wiedemann et de Silver-Russel. En outre ils ont un risque accru 2.6 fois de petits poids de naissance. L’infertilité du couple, la stimulation ovarienne, la fécondation in vitro, ont été évoqués comme causes possibles, mais aucun élément décisif n’a été mis en évidence. Or certains composés entrant dans la fabrication des plastiques provoquent des perturbations épigénétiques ce qui a entrainé leur interdiction. Mais les consommables utilisés en AMP ne sont évalués que par des tests de survie des spermatozoïdes ou de développement de blastocystes de souris alors que les embryons humains y sont incubés plusieurs jours. Le principe de précaution implique donc que ces effets potentiels soient recherchés. Nous avons mis en évidence chez la souris la perturbation de l’expression des gènes placentaires soumis à empreinte sur des embryons obtenus in vitro comparés à d’autres qui avait été conçus in vivo (Fauque et al. 2010). Nous proposons de mener une étude chez la souris pour (1) identifier d’éventuelles dérégulation épigénétiques et (2) comparer l’expression de gènes dans deux organes cibles, le foie et le placenta, en comparant des embryons conçus in vivo et incubés soit dans des boites en plastiques habituelles, soit dans des boites en verre et avec des embryons conçus et gardés in utéro.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire  :
- Fécondation in vitro murine
- Analyse transcriptomique à haut débit en utilisant des puces d’expression. Les puces utilisées renseigneront en parallèle sur l’expression des gènes et de celle des micros ARN. L’ADN sera obtenu de façon à étudier par Methyl seq utilisant le Sure-Select Methyl seq (Agilent) pour le génome murin.
- La validation des résultats des microarrays sera réalisée par qRT-PCR pour 10 gènes par organe. Une validation histologique par immunohistochimie sera réalisée pour 5 à 10 protéines d’intérêt codées par les gènes les plus modifiés, si on en détecte
- Une panoplie des outils bioinformatiques les plus récents sera utilisée pour l’analyse des données en cas de différences d’expression ou de méthylation (DAVID, Genomatix, Ingenuity, Cytoscape, Arraymining, iRegulon, GSEA).

Documents joints

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