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Rôle des longs ARN non-codants (lncRNAs) dans le contrôle des programmes d’expression génique

Claire ROUGEULLE UMR7216 Epigénétique et Destin Cellulaire

Téléphone : 01 57 27 89 29 Mail : claire.rougeulle@univ-paris-diderot.fr Site internet : http://parisepigenetics.com/fr/ Directeur du Laboratoire ou de l’Unité : Jonathan Weitzman


L’équipe étudie la fonction des longs ARN non-codants (lncRNAs) dans le contrôle des programmes d’expression génique, au niveau des cellules souches et lors de la différenciation et du développement. Nous examinons également la contribution de ces lncRNAs à la plasticité des processus épigénétiques dans l’évolution. Notre groupe se concentre sur l’inactivation du chromosome X chez les mammifères, paradigme des régulations épigénétiques faisant intervenir des lncRNAs, et dont les mécanismes de régulation sous-jacents varient entre les espèces. Notre recherche vise également à appréhender l’implication des lncRNAs dans des contextes pathologiques.

Projet de stage : Ftx est un gène non-codant localisé au niveau de la région qui contrôle l’inactivation du chromosome X. C’est un locus complexe qui produit plusieurs isoformes d’ARN non-codants (promoteurs alternatifs, épissage alternatifs et sites multiples de terminaison de la transcription). Ce locus abrite également un couple de microARNs dont la fonction est encore mal connue. L’équipe a montré que la délétion d’une région génomique incluant l’ensemble des promoteurs de Ftx engendre plusieurs phénotypes au niveau de l’inactivation du chromosome X et d’autres processus (données non publiées). Cette délétion conduit à la perte d’expression de Ftx et des microARN associés. Le but du projet est d’étudier précisément la contribution des microARNs à ces phénotypes. Pour cela, la région génomique couvrant ces microARNs sera délétée par une approche CRISPR/Cas9, largement utilisée et maitrisée dans l’équipe. Les microARNs étant localisés dans un intron 3’ de Ftx, cette délétion ne devrait pas perturber la transcription du locus ni la production d’ARN Ftx. Ces études seront réalisées dans des cellules souches embryonnaires de souris, facilement manipulables, que l’on peut différencier in vitro, et qui récapitulent le processus d’inactivation. Nous étudierons donc dans quelle mesure la perte ciblée des microARNS reproduit les phénotypes observés précédemment.

Techniques mises en œuvre par le stagiaire : Culture Cellulaire, extraction ARN, RT-PCR, ARN-FISH.

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